La panification au levain naturel suppose une double fermentation alcoolique (levures naturelles contenues dans le grain) et lactique (bactéries lactiques contenues dans le grain) qui dégrade lentement les éléments nutritionnels afin de les rendre plus facilement assimilables par l'organisme humain et ce, sans casser la pâte, contrairement à l'action rapide et peu contrôlable de la levure.
Un pain au levain naturel se conserve mieux et plus longtemps: il dessèche moins vite et ne moisit pas.
Le levain naturel est aussi recherché pour ses saveurs puissantes tout à fait spécifiques.
La pratique du levain naturel redonne au métier de boulanger toutes ses lettres de noblesse. Favoriser l'activité biologique de la pâte à l'aide uniquement des méthodes de panification naturelles suppose, en effet, une bonne dose de professionnalisme : bonne connaissance des matières vivantes mises en œuvre, capacité à apprécier la fermentation spontanée par la vue, l'odorat et le toucher ; aptitude à jongler avec les saisons, le temps, les quantités et les températures, sont autant de qualités à réunir pour obtenir un résultat le plus constant possible tout en faisant fi de l'utilisation de tous ces artifices dont la boulangerie conventionnelle use et abuse et que le cahier des charges biologique tolèrent en partie (ex. : acide citrique = E330, acide ascorbique = E300, acide lactique = E270, etc.)